Zaraz po zakończeniu działań wojennych ks. prof. Wyszyński wrócił do Włocławka i zaczął organizować Seminarium Duchowne zniszczone w czasie wojny. W 1945 r. został rektorem Seminarium. W 1946 roku Ojciec Święty Pius XII mianował księdza profesora Wyszyńskiego biskupem, ordynariuszem diecezji lubelskiej. Sakry biskupiej udzielił nominatowi na Jasnej Górze Prymas Polski, Sługa Boży August kardynał Hlond dnia 12 maja 1946 roku. Dnia 22 października 1948 r. odszedł do Boga kardynał August Hlond, Prymas Polski. Arcybiskupem Gniezna i Warszawy, Prymasem Polski został biskup Stefan Wyszyński. Nowy arcybiskup w liście pasterskim na dzień ingresu pisał: "Nie jestem ja ani politykiem, ani dyplomatą, nie jestem działaczem, ani reformatorem. Natomiast jestem ojcem waszym duchownym, pasterzem i biskupem dusz waszych, jestem apostołem Jezusa Chrystusa...".

Aby uchronić Kościół i Naród od napięć i rozlewu krwi Prymas Wyszyński podjął decyzję zawarcia "Porozumienia" z władzami państwowymi 14 IV 1950 r. Na konsystorzu w dniu 12 stycznia 1953 roku został kardynałem. 25 września 1953 r. Stefan kardynał Wyszyński został aresztowany i wywieziony z Warszawy. Przebywał kolejno w Rywałdzie Królewskim koło Grudziądza, w Stoczku Warmińskim, w Prudniku koło Opola, w Komańczy w Bieszczadach. Właśnie tam, w Komańczy w dniu 16 maja 1956 roku napisał tekst odnowionych Ślubów Narodu. Zostały one złożone uroczyście na Jasnej Górze 26 sierpnia 1956 roku jako Jasnogórskie Śluby Narodu przez milionową rzeszę pielgrzymów z Episkopatem Polski na czele. Dnia 26 października 1956r. Stefan kardynał Wyszyński został uwolniony. Wrócił do Warszawy wśród wielkiej radość i nadziei Kościoła w Polsce.

W latach 1957-1965 prowadził Wielką Nowennę przed Jubileuszem Tysiąclecia Chrztu Polski. W 1957 roku zaczęło się Nawiedzenie kopii Obrazu Matki Bożej Częstochowskiej. Na główne uroczystości milenijne 3 maja 1966 roku pragnął przyjechać Ojciec Święty Paweł VI. Władze polskie pod wpływem decyzji z Moskwy odmówiły Papieżowi prawa przyjazdu. W latach sześćdziesiątych Prymas Polski czynnie uczestniczył w pracach Soboru Watykańskiego II wnosząc cenne doświadczenie Kościoła w Polsce. Na auli soborowej cieszył się wielkim uznaniem wśród biskupów świata. Na ręce Ojca Świętego Pawła VI złożył memoriał Episkopatu Polski z prośbą o ogłoszenie Maryi Matką Kościoła. Prośba została spełniona. Ojciec Święty Paweł VI na zakończenie III sesji Soboru - 21 listopada 1964 roku ogłosił Maryję Matką Kościoła.

16 października 1978 r. na Stolicę Piotrową został wybrany Polak kardynał Karol Wojtyła. W czerwcu 1979 r. przyjął w Ojczyźnie po raz pierwszy od tysiąca lat widzialną Głowę Kościoła - Ojca Świętego Jana Pawła II -Papieża z rodu Polaków. W okresie rodzącej się "Solidarności" Prymas Tysiąclecia pozostawał ośrodkiem równowagi i pokoju społecznego. Zatroskany o pokój w Ojczyźnie i dobro ludzi ustawicznie wzywał do odpowiedzialności. Odszedł do Boga 28 maja 1981 r. w Uroczystość Wniebowstąpienia Pańskiego. Pogrzeb Stefana kardynała Wyszyńskiego odbył się w Warszawie 31 maja . W 1989 roku rozpoczął się proces beatyfikacyjny Sługi Bożego Stefana kardynała Wyszyńskiego.